Cela correspond à une malformation qui entraine un rétrecissement du calibre de la jonction entre le bassinet (pyélon) et l'uretère à son origine, empêchant le bon passage des urines dans l'uretère. 

L'obstacle est alors fonctionnel, incomplet et progressif. Il entraine une augmentation progressive du volume du bassinet, puis à un stade tardif une altération du fonctionnement du rein.

Il existe plusieurs origines possibles :

• une malformation congénitale :

Le bassinet et l'uretère comportent dans leur paroi une couche de cellules urothéliales puis des fibres musculaires. Ces dernières se contractent régulièrement, activement et de manière synchronisée pour expulser les urines vers l'extérieur. Parfois, il existe une zone de fibrose qui altèrent la contraction des fibres musculaires du bassinet de ceux de l'uretère, ce qui fait disparaître la synchronisation, les urines stagnent donc en amont. La découverte se fait généralement chez les enfants.

• l'artère polaire inférieur  :

Il peut y avoir plusieurs artères rénales au lieu d'une seule. Ceci n'est  pas une anomalie, mais une simple variante anatomique. Parfois, l'artère polaire inférieure croise la jonction pyélo-urétérale par l'avant et la comprime.

• la sténose secondaire :

Traumatique, infectieuse (tuberculose urinaire), fibrose rétropéritonéale. Dans ces situations, l'obstacle n'est pas spécifique de la jonction pyélo-urétérale.